La Facultad posee una larga trayectoria en la formación de docentes y profesionales, siendo un referente principalmente en el centro-norte de la provincia de Santa Fe.
Los inicios de la institución se remontan a 1953 (cuando se creó el Instituto del Profesorado). En 1958 pasó a llamarse Instituto del Profesorado Básico y en 1970 Escuela Universitaria del Profesorado. En 1987 se convirtió en Facultad (por entonces denominada de Formación Docente en Ciencias).
A lo largo de los años consolidó las carreras de profesorado, las Licenciaturas así como las actividades de investigación y extensión. Iinicialmente comenzó con la formación de docentes en Ciencias Naturales y en Historia y Geografía, ampliando luego a otras áreas (como Letras y Matemática).
La propuesta académica se renovó a partir de 1990 con la creación de las licenciaturas en las diferentes disciplinas y posteriormente las carreras de Filosofía (primero Diplomatura en Humanidades), Ciencia Política y Sociología (estas últimas compartidas con la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales).
La investigación fue fortaleciéndose a través de la creación de programas, centros e institutos. El desarrollo institucional involucró además una importante participación de la Facultad en programas y proyectos de extensión, formación en el nivel de posgrado, ciclos de licenciatura para egresados del nivel terciario así como diversas propuestas de educación a distancia.