La estructura funcional de la Facultad comprende una organización académica y administrativa acorde con el ámbito educativo y universitario.
Diferentes normas organizan el funcionamiento de los espacios vinculados a la enseñanza, la investigación y la extensión universitaria, así como al desarrollo institucional y el desenvolvimiento de las funciones administrativas.
Funcionan en el ámbito de la Facultad como Departamentos académicos los siguientes: Ciencias Naturales, Ciencia Política, Filosofía, Geografía, Historia, Letras, Matemática y Sociología; y el Instituto de Desarrollo e Investigación para la Formación Docente (INDI). Cada Departamento tiene dirección y una junta departamental integrada por tres docentes, quienes son electos entre sus pares conforme a la reglamentación vigente. A su vez cuentan con tres representantes estudiantiles, que se eligen anualmente. En el caso del INDI posee una dirección y una subdirección integrada por dos docentes.
Se consideran carreras a aquellas unidades internas que posibilitan el desarrollo de los diferentes currículos de las carreras de grado. Las carreras(de Ciencias Naturales (Biología/Biodiversidad), Geografía, Historia, Letras, Matemática y Filosofía poseen un/adirector/a, cargo que se cubre por concurso entre los docentes de la carrera, de acuerdo a la reglamentación vigente. En el caso de las carreras de Sociología y Ciencia Política (propuestas compartidas con la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales) poseen un/acoordinador/a y un comité académico.
Los ciclos de Licenciatura en el marco del Programa de Carreras a Término – PROCAT (destinado a egresados del nivel terciario) así como las carreras de posgrado también cuentan con direcciones/coordinaciones académicas junto con comités académicos que integran docentes vinculados con los diferentes campos de estudio.