La Facultad de Formación Docente en Ciencias se crea el 21 de agosto de 1987, sobre la base de la Escuela Universitaria del Profesorado. Los antecedentes de formación se remontan a 1953, con el denominado Instituto del Profesorado.
La transformación del Instituto en Facultad de Formación Docente en Ciencias en 1987 constituyó un punto de inflexión para la proyección institucional. El 7 de noviembre de 1989 el flamante Consejo Directivo eligió a Mauricio Epelbaum como su primer decano.
En ese momento la Facultad funcionaba en la casa de 9 de Julio entre La Rioja y Catamarca (Eva Perón) con un anexo en la misma manzana, sobre calle 1º de mayo.
La Facultad ha constituido en el ámbito de la UNL un espacio siempre receptivo a nuevas propuestas de formación. Docentes de las diferentes disciplinas participaron activamente en los equipos de programas centrales vinculados con ingreso, articulación de niveles, capacitación docente, transformación curricular y educación a distancia.
Se desarrollaron tempranamente acciones de investigación, de extensión e iniciativas de perfeccionamiento docente y formación destinadas a diferentes sectores. En la década del ‘90 amplió su propuesta académica. Procesos de transformación curricular y nuevos planes de estudio abrieron paso a las licenciaturas en Geografía, Letras, Historia, Biodiversidad.
Las actividades de investigación se consolidaron en programas y proyectos CAID, centros de estudios y publicaciones enfocados a problemas con fuerte referencia regional. Surgieron diversas carreras de posgrado y ciclos de licenciatura para egresados de nivel terciario. Se profundizaron además las acciones de extensión y vinculación con la comunidad.
En 1996 se integró con el Instituto Superior de Música, institución con amplia trayectoria en la formación artística musical universitaria. En 1998 se produjo el trasladó a las actuales instalaciones en la Ciudad Universitaria.
El cambio de denominación a Facultad de «Humanidades y Ciencias» (2000) posibilitó incluir plenamente las diferentes propuestas académicas en curso y proyectadas. En este marco surgieron nuevas carreras como Filosofía (primero Diplomatura en Humanidades) y las Licenciaturas en Sociología y en Ciencia Política (ambas compartidas con la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales).
Desde 2011 se amplió el ejercicio de la ciudadanía universitaria a los integrantes del Instituto Superior de Música. Ello permitió su integración plena en los claustros —docente, graduados, estudiantes y no docentes— para las elecciones de consejeros directivos.
En la etapa reciente se destacan como logros: el acrecentamiento de las actividades de extensión y vinculación fuertemente ancladas en el territorio; aumento y diversificación de líneas de investigación; la estrategia de internacionalización y de doble titulación, proceso iniciado con las carreras de Letras, Historia y Ciencia Política; la acreditación por la CONEAU de la Licenciatura en Biodiversidad; la formación destinada a las primeras infancias; la consolidación de la formación de cuarto nivel con el Doctorado de Humanidades (2011), la Maestría en Políticas Públicas para la Educación (2013), el Doctorado en Estudios Sociales (2016) y el Doctorado en Teorías, Sentidos y Prácticas de la Educación (2017); la creación del Programa de Extensión Educación y Sociedad (UNL) con sede en FHUC; la concreción del Instituto en Humanidades y Ciencias Sociales IHUCSO-Litoral), de doble dependencia con CONICET entre otras acciones.