Rafaela se formó en 1881, con once familias que fueron comprando tierras de terratenientes porteños cuya venta habían encargado a Lehmann, un empresario colonizador, de gran renombre en aquellos tiempos. De ese año data el primer boleto de compra-venta de la Empresa Colonizadora de Guillermo Lehmann. Las tierras en que se asentó Rafaela pertenecían a los señores Saguier, Quintana y Egusquiza, luego al mismo Lehmann.
Respecto del nombre de la ciudad, los autores no se ponen de acuerdo sobre el origen del mismo. Las teorías que con más fuerza se sostienen refieren que los nombres de las colonias procedían de:
1- apellido de los dueños de las tierras (Egusquiza, Roca).
2- nombres asociados con la patria de origen de los nuevos habitantes
( Humberto 1°, Cavour)
3-el nombre de las esposas de los propietarios de las tierras ( como por ejemplo Rafaela Rodríguez de Egusquiza)
Hay otras versiones que consideran que el nombre de Rafaela se colocó en honor a un sacerdote franciscano, Rafael Pezzini, quien actuó como misionero. Este religioso italiano estuvo viviendo en el Convento San Carlos de San Lorenzo entre 1867 y 1873, con lo cual la colonia Rafaela posiblemente ya tenía ese nombre designado por los lugareños, aún antes de la llegada de Lehmann.